Der er nu 2011 år mellem begivenhederne i «Planet of the Apes: Prevolution» (10) og «Planet of the Apes: Revolution». Hvad der skete i de mellemliggende år, fortælles i det følgende knap 2 minutter lange klip i form af en nyhedsreportage. På bare 10 år blev menneskeheden slynget tilbage til stenalderen af Simian Flu Krisen. Uden fungerende regeringer, ingen mad og intet internet ser tingene ikke godt ud for menneskeheden.
Den virus, der blev frigivet for ti år siden, har udslettet det meste af menneskeheden og efterladt de få overlevende i byruiner, der er tilbage fra deres tidligere civilisation. Under en ekspedition ind i skoven møder en gruppe ledet af Malcom (Jason Clarke) et intelligent abefolk, der bor der under ledelse af Cæsar (Andy Serkis). Malcom og Ellie (Keri Russell) indser, at de ligesom folket kun ønsker at forsvare det, der er vigtigt for dem: deres hjem, deres familier og deres frihed. Sammen opfordrer de til gensidig forståelse og indgår en fredsaftale, som dog er kortvarig. For Dreyfus (Gary Oldman) er aberne skyld i virussen og er derfor erklæret fjender. Han finder adskillige følgere, der ikke viger tilbage for vold. En sidste skandale ser ud til at være uundgåelig - en kamp vil opstå, som i sidste ende vil bestemme overherredømmet over jorden.